O tratamento da fissura anal visa o controle da dor e a cicatrização da laceração. Nos casos de fissuras anais pequenas, a cura geralmente ocorre de modo espontâneo após alguns dias, mas o tratamento médico pode acelerar este processo além de aliviar a dor.
O tratamento inicial pode ser caseiro, com banhos de assento com água morna três vezes por dia, aumento da ingestão de fibras e uso de laxantes para diminuir a rigidez das fezes.
Existem algumas pomadas para fissura anal que podem ser usadas. Pomadas à base de nitroglicerina ou nifedipina ajudam a dilatar os vasos anais, aumentando o aporte de sangue e oxigênio para a região da fissura, o que favorece sua cicatrização. A nitroglicerina também ajuda a relaxar o esfincter anal, diminuindo o esgarçamento da fissura e facilitando o ato de evacuar. As aplicações de nitroglicerina podem causar dores de cabeça e tonturas como efeito colateral. Os pacientes devem evitar o uso de medicações para impotência, como viagra, durante o tratamento com nitroglicerina
Pomadas com anestésicos também podem ser usadas antes de cada evacuação para reduzir a dor, mas estas, sozinhas, não ajudam na cicatrização
Cerca de 90% das fissuras no ânus cicatrizam com medidas conservadoras, como as descritas acima.
Nos casos que não melhoram pode-se tentar o uso da toxina botulínica (Botox), que ajuda a relaxar o esfincter anal, reduzindo o estiramento da fissura . O Botox pode causar como efeito secundário a perda temporária da continência fecal, podendo haver pequenas perdas de fezes durante 2 ou 3 meses, tempo de ação da toxina.