A maioria das fissuras anais surgem após um trauma, geralmente um esgarçamento do ânus. A causa mais comum são fezes volumosas e endurecidas, que provocam um estiramento além do limite da mucosa anal durante a evacuação. Outras causas são o sexo anal ou introdução de objetos de grande diâmetro pelo ânus. Diarreia prolongada pode causar irritação e lesão da mucosa anal , facilitando o surgimento de fissuras. Paciente com antecedentes de outras lesões no ânus, como hemorroidas ou fístulas anais também apresentam maior risco. Mulheres podem desenvolver fissuras após um parto normal.
A fissura anal ocorre habitualmente em pessoas sem outros problemas de saúde, mas pode ser também uma complicação de algumas doenças, como tuberculose anorretal , Doença de Crohn ou leucemia
O grande problema da fissura anal é o fato dela ser um processo de agressão cíclica. A lesão da musosa faz com que o esfincter do ânus involuntariamente sofra um espasmo, impedindo que o mesmo relaxe. Essa contração do ânus provoca mais esgarçamento da fissura, dificultado a cicatrização da ferida. O espasmo anal, associado à dor ao evacuar, agrava a prisão de ventre. Quando o paciente finalmente consegue evacuar, as fezes estão volumosas e ressecadas e precisam vencer a resistência de um ânus, que tem dificuldade em relaxar. Tudo isso provoca ainda mais lesão da mucosa e perpetuação da fissura no ânus. Os pacientes que entram neste ciclo vicioso costumam desenvolver fissuras anais crônicas, pois o espasmo anal prolongado, além de facilitar o trauma repetitivo, ainda causa compressão dos vasos sanguíneos que irrigam a região do ânus, provocando uma isquemia desta região. As fissuras anais crônicas são aquelas que duram mais de 6 semanas e não cicatrizam sem tratamento médico.
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